آمار مطالب
آمار کاربران
آمار بازدید
|
آشنایی با نرم افزار ژنتیک
نرم افزار بلاست BLAST
در بیو انفورماتیک ، BLAST یا ابزار پایه‌ای برای جستجوی تطبیق‌های موضعی یک لگاریتم کاربردی برای مقایسه اطلاعات یا ( سکانس ) بیولوژیک می باشد . با این نرم افزار می توان سکانس اسید های آمینه در پروتئین ها یا نوکلئوتید ها را در DNA را با هم مقایسه کرد . این نرم افزار به پژوهشگر اجازه می دهد تا یک سکانس را با سکانس مرجع یا سکانسی که در data base وجود دارد ، مقایسه کرد . شناسایی سکانس های موجود در data base که بیشترین شباهت را با سکانس مورد نظر دارد از دیگر قابلیت های این نرم افزار است . بر حسب نوع سکانس انواع مختلفی از بلاست امکان پذیر است . مثلا اگر یک ژن ناشناخته در موش که قبلا اطلاعاتی از آن در اختیار نبوده ، باید بررسی شود ، یک محقق ترجیح می دهد این سکانس را با ژنوم انسان بلاست کند. این نرم افزار در NIH ( موسسه ملی بهداشت آمریکا) طراحی شد . بلاست یکی از برکاربردترین نرم افزارها در بیوانفورماتیک است که با سرعت مطلوب مقایسه مورد نظر را انجام می دهد . سرعت زمانی اهمیت خود را نشان می دهد که با ژنوم کامل روبرو باشیم . پیش از طراحی این نرم افزار مقایسه سکانس ها بسیار وقت گیر بود . برخی از اطلاعاتی که با استفاده از نرم افزار بلاست بدست می آید عبارتند از
1- کدام گونه ها ی بکتریایی دارای پروتئین خاصی هستند که با یک پروتین که سکانس آن مشخص است ، شباهت دارد
2- یک سكانس خاص DNA از کجا منشا گرفته است .
3- چه ژنهایی یک موتیف یا ساختار ویژه را دارند .
در سایت NCBI بخشی برای این نرم افزار و نیز اموزش کار با آن قرار دارد .
لینک نرم افزار بلاست
لینک آموزش استفاده از نرم افزار بلاست
دانلود نرم افزارطراحی سلول Cell Designer
نرم‌افزار Cell Designer برای ایجاد شبکه های واکنشها به کار می‌رود و جایگزینی برای برنامه Jdesigner می‌باشد. این نرم‌افزار برای کسانی که از سیستم عامل ویندوز استفاده نمی‌کنند و به جای آن از Mac یا لینوکس بهره می‌برند نیز قابل استفاده است و زبان برنامه Java می‌باشد. آخرین نسخه این برنامه از آدرس http://celldesigner.org قابل دریافت است.
http://celldesigner.org
Cell Designer اشکال متفاوتی برای انواع مولکول ها مثل پروتئینها، گیرنده‌ها، کانالهای یونی، متابولیتهای کوچک و … به صورت پیش فرض در نظر گرفته است. همچنین نمادهایی برای واکنشهای مختلف مثل فسفریلاسیون و تغییرات دیگر مولکولی وجود دارد. همچنین نرم‌افزار علائم خاصی برای برخی از انواع واکنشها مثل کاتالیز، انتقال عامل، سرکوب و فعال کردن مهیا کرده است.
Cell Designer قالب SBML را می‌پذیرد و بنابراین می‌توان از طریق اینترنت، مدلهایی که با این استاندارد نوشته شده‌اند را استفاده کرد و این مدلها را به صورت یک درختواره نشان داد. با کلیک روی هر بخش از این درختواره می‌توان عناصر آن را در یک پنجره جدید مشاهده با جزئیات بیشتر ملاحظه کرد.
